SMK Negeri 1 Jayapura berdiri pada tahun 1963 dengan nama Sekolah Guru Kepandaian Putri (SGKP) Negeri Jayapura. Saat itu, sekolah yang terletak di Jalan Nusa Tenggara, Dok V nomor 14, Kota Jayapura, Papua ini membuka dua jurusan yaitu Jurusan Memasak dan Jurusan Menjahit, dengan tujuan untuk menghasilkan tenaga-tenaga pendidik untuk bidang kepandaian/ketrampilan wanita.
Pada tahun 1967, sekolah ini kemudian berganti nama menjadi Sekolah Kesejahteraan Keluarga Tingkat Atas (SKKA) Negeri Jayapura yang berorientasi pada program-program kerumahtanggaan. Selain jurusan yang sudah ada, ditambah pula jurusan baru, yakni Jurusan Tata Laksana Rumah Tangga. Selanjutnya di tahun 1976, SKKA berganti nama menjadi Sekolah Menengah Kesejahteraan Keluarga (SMKK) Negeri Jayapura.
Seiring dengan berkembangnya pendidikan kejuruan yang menyesuaikan kebutuhan dunia kerja yang sangat membutuhkan sumber daya manusia yang memiliki kemampuan handal dan profesional, maka di tahun 1992 SMKK berganti nama menjadi Sekolah Menengah Kejuruan Kelompok Pariwisata (SMK Pariwisata) Negeri Jayapura serta mengalami perubahan nama pula pada ketiga jurusannya. Jurusan Memasak berganti nama menjadi jurusan Tata Boga, jurusan menjahit berganti nama menjadi jurusan Tata Busana, dan jurusan Tata Laksana Rumah Tangga berganti nama menjadi jurusan Tata Graha. Materi pembelajarannya pun lebih mengarah pada bidang kepariwisataan.
Pada tahun 1997, pemberian nama sekolah berubah, yaitu penomoran SMK ditetapkan berdasarkan tahun pendiriannya, sehingga pada tahun tersebut SMK Pariwisata Negeri Jayapura berganti nama menjadi SMK Negeri 1 Jayapura. Satu program keahlian baru yang dibuka pada tahun 1997 ini adalah program keahlian Tata Kecantikan. Tahun 2001, dalam program re-enginering menambah satu program keahlian yaitu program keahlian Usaha Perjalanan Wisata (UPW) dan di tahun 2006 menambah program keahlian Rekayasa Perangkat Lunak (RPL).
Saat ini nomenklatur SMK Negeri 1 Jayapura telah berubah menjadi SMK Negeri 1 Pariwisata Jayapura yang memiliki enam program keahlian, yakni Tata Boga, Tata Busana, Tata Kecantikan Kulit dan Rambut, Perhotelan, Usaha Perjalanan Wisata (UPW), dan Rekayasa Perangkat Lunak (RPL).
Adapun data pada tahun ajaran 2019/2020 , jumlah total siswa sebanyak 652 orang, memiliki 26 rombongan belajar, 45 tenaga guru dan 15 tenaga kependidikan dan 15 ruang teori belajar, 4 laboratorium computer, 5 ruang praktik Tata Boga, 2 ruang praktik Busana, dan beberapa ruang praktik belajar pendukung yang berbasis pariwisata dengan penataan komprehensif; berbasis digital. Demikian halnya dalam pelaksanaan evaluasi pembelajaran ( UNBK maupun tes ulangan umum Semester) diterapkan CBT(Computer Berbasis Tes.)
Fasilitas sarana dan prasarana di SMK yang memiliki luas 4.850 m2 ini sudah cukup memadai, termasuk laboratorium praktik siswa. Simtem pembelajaran yang digunakan adalah sistem blok. Siswa per kelas bergantian dalam penggunaan laboratorium praktik melalui jadwal yang sudah ditentukan. Untuk program keahlian Akomodasi Perhotelan, sekolah juga memiliki sebuah edotel bernama Youtefa Hotel, yang memiliki 14 kamar, mulai dari kelas standard, deluxe, hingga suit. Hotel ini selain digunakan sebagai tempat praktek siswa jurusan Akomodasi Perhotelan, juga menjadi lahan bisnis bagi SMK Negeri 1 Jayapura untuk tamu-tamu dari umum. Dulunya, edotel ini memiliki spot view yang cukup indah karena berhadapan dengan pantai maupun laut. Namun kemudian pembangunan beberapa bangunan di depan hotel menghalangi pemandangan, sehingga sekarang pemandangan lautan sedikit terhalang oleh atap-atap beberapa bangunan. Meski demikian, hotel ini termasuk cukup ramai, terutama jika terdapat event atau pelatihan-pelatihan yang diselenggarakan di Jayapura. SMK Negeri 1Pariwisata Jayapura sendiri pun kerap mendapat order dari penyewaan (Skouw Yambe Room) aula sekolah untuk kegiatan-kegiatan pelatihan, workshop, hingga acara pernikahan. Dengan demikian, sekolah pun mendapat pemasukan yang membantu meringankan biaya operasional sekolah.
SMK Negeri 1 Pariwisata Jayapura SIAP maju , meraih Kompetensi yang terbaik, menembus era tanpa batas. Terus berkarya secara kreatif dan inovatif. Membentuk generasi cerdas yang berkaraker sehat dan bermental kuat sehingga dapat mampu bersaing merebut peluang di pasar kerja (22-04-2020)